傳教士在這座城市裏生活了一年，成為劉家老爺最尊貴的坐上客，當然前提是老爺如願以償地得到了傳教士那神奇的背包裏某些東西。但是傳教士還是決定離開這裏，而老爺已經得到了香水、望遠鏡、玻璃球，還有煙草，他再也不願意聽傳教士那喋喋不休的聖經了。於是，在一個香氣四溢的夜晚，傳教士從這個城市裏失蹤了。在聖方濟各會編撰的一本書裏，留下了他去北京傳教的記載，但是也有人傳說他去了日本，或是蒙古，甚至是西藏。
最後一個見到他的人是子煙。事實上，傳教士是特意要在臨走前向子煙告辭。在子煙的房間裏，兩個人都沒有說話，一片寂靜中，只有刻漏滴水的聲音是那樣清晰，這微弱的聲音卻充斥了整個房間。好久傳教士才從這聲音裏回過神來，他小心翼翼地在自己寬大的黑色教袍裏摸著，好不容易才摸出一個小巧玲瓏的自鳴鐘來。他把這塊自鳴鐘塞在了子煙的手心裏。輕輕地說，送給你。
然後他在子煙的頭上畫了一個十字，接著轉身出門去了，永遠地離開了這裏。
子煙來不及趕出去，傳教士已經消失在夜色中了。子煙回到燈下，仔細地看著自鳴鐘，很小，足夠放在衣服袖子或是口袋裏。重重的，是用墨西哥的銀做的。在玻璃表面下，有一長一短兩根指針，鐘面上有羅馬數字的刻度。子煙能聽到從自鳴鐘的心髒裏發出的聲音，那是最古老的嘀嗒聲，與刻漏的滴水聲同時響起，居然那麼相似。他閉上了眼睛，鐘聲和刻漏聲同時撞擊著他的耳膜，於是他做了一個夢。
當子煙醒來的時候，又過去了一年，除了日複一日的鐘和滴水的聲音以外，突然多了一陣猛烈的炮火聲，巨大的喧囂從城市的四周響起。他茫然地看著窗外，黑色的濃煙混雜在黑夜中，還有遠方熊熊的火光。父親沖了近來，失魂落魄地叫著，滿洲人來了，拉起子煙的手就往外跑。
那一夜在無數逃難的人群中，子煙被父親拉著向城門奔去。突然他想起了什麼，他大喊了起來，轉回身去，父親死死地抓住了他，兒子，別管你那些破爛了。父親用近乎哀求的目光看著他，忽然父親的神色變了，他的眼球開始向外突出，張大了嘴。子煙這才發現，父親的胸口突然多了一個窟窿，一個騎著馬的滿洲人手裏的長矛正從父親的後背一直插到了前胸。父親終於松開了抓住子煙的手，慢慢地倒了下去，父親的臉變得模糊了，連同父親袖子裏藏的那瓶香水一同沉入了黑夜的大海中。子煙立刻被洶湧的人潮擠走了，他什麼都不能做，就象是一塊漂流在水上的木頭，隨波逐流，被一片撩亂的夜色淹沒。
幾天以後，滿洲人停止了屠城，子煙回到了城裏。他的家已經成了一堆瓦礫，到處殘留著灰燼和仆人的屍體。迷宮般的花園已經不複存在了，他的房間也只徒存四壁。他看到房後的庭院裏第一塊空地的日晷已經被砸碎了，堅固的石頭圓盤分成了六塊，也許是用火器炸的。第二塊裏的五級刻漏少掉了三個「壺」，可能是被滿洲人用去當馬桶了。還有第三塊空地裏巧奪天工的秤漏，秤竿已經一斷為二了。第四塊空地裏應該是詹希元創制的五輪沙漏，現在只剩下了兩個小木人躺在地上看著他。還有那張衡發明的漏水渾天儀也已經變成了一個半圓。
子煙默默無語地走了出去，當走到自己房間的瓦礫堆裏的時候，他忽然聽到了什麼熟悉的聲音。這讓他的心裏什麼東西有重新恢複了溫度，他仔細地聽著，是自己的腳下發出了，在瓦礫堆裏。他尋著聲音趴在了瓦礫上，用手指挖開磚頭，直到他的手指上全是鮮血，他終於在這腳下的深處找到了聲音的源頭——那銀色的外殼在沾滿鮮血的雙手裏顫抖著，反射著正午的陽光。
多美啊，子煙對手中的自鳴鐘自言自語著。
「嘀嗒」。自鳴鐘是最後的幸存者。
子煙把自鳴鐘塞在了自己的懷裏，離開了這座城市。他走在江南的小徑裏，野地裏有許多屍體，於是他坐上了一艘船，沿著蜿蜒的水道向大陸的深處而去。天氣越來越涼，過了些日子，下雪了，漫天的雪花裏，一襲單衣的子煙凍得渾身發抖，蜷縮在船艙裏的某個角落。他的手隔著衣服揣摩著自己胸前藏著的自鳴鐘，他的皮膚能感覺到自鳴鐘機芯裏的運行，那種輕微如自己心跳般的聲音，甚至有時他會誤以為自己長了兩個心髒。
小河越來越淺了，船無法再行駛，他下了船。子煙可以看見遠方的山丘和那些半山腰上被白雪覆蓋的枯黃的茶樹，他定了定神，就向山上走去。這裏已經很荒涼了，連綿不絕的丘陵裏見不到一個人，他越往前走山勢就越高峻，直到從丘陵進入一座莽莽大山。子煙不知道自己向何處去，他已經沒有家了，他只是覺得自己應該這麼走，仿佛前頭有什麼在等待著他。
這時他聽到鐘聲了，鐘的聲音，悠遠洪亮，從前頭的樹林中傳出。他慌亂地從懷中掏出了自鳴鐘，酉時到了，太陽已經西沉了。他用最後的一點力氣向鐘聲響起的地方跑去，在密林的深處，他看到了古鐘寺。
推開那扇搖搖欲墜的大門，子煙在寺院裏看到了一個大涼亭，亭子裏面吊著一口大鐘，鐘邊有一個五十多歲的僧人。子煙原以為自己冒失地闖進來會使老和尚大吃一驚，但那僧人是如此平靜地看著他，平靜地有些可怕，老和尚笑了笑，朗聲道，你終於來了。
我終於來了？
子煙不明白，他覺得這句話意味深長，但他不願意去弄明白，他知道自己弄不明白。
好的，我來了，我能不能來了就不走了。
你想來就來，你想走就走。老和尚的回答讓子煙非常滿意。
老師父，這裏有刻漏嗎？
沒有。
那為什麼你的鐘敲得那麼准時？
這需要理由嗎？這口鐘我已經敲了四十年了。
子煙走到了大鐘的跟前，用手撫摸著鐘面，銅做的，無比堅固，仿佛與日月萬物共生。在黑色的鐘面上刻著幾行梵文。突然子煙跪了下來，把頭埋在了老和尚的僧鞋上，求求你，給我剃度吧。
留著你的頭發吧，你只不過是做了一個夢。
今天我迷迷糊糊地從夢中醒來，太陽已經照到了我的床上，天哪，現在至少已經是七點半了，平時我六點就要起來的，怎麼，鬧鐘沒有響，我狠狠地搖了搖它，一看時間，原來鬧鐘停了。我看了看三五鐘，怎麼也停了，我管不了那麼多，急忙趕出門去狠狠心叫了一輛出租車去單位，但我還是遲到了。
下班以後我有些心不在焉，在淮海路上轉了幾圈，在一家禮品店的櫥窗裏我見到了一個沙漏，一般是被人們做為禮品的，沙子在玻璃裏永不停息地流動著，一上一下，就象是血液循環，我盯著它看了好久，直到看得頭有些昏了才轉身回去。天色太晚了，我抬腕看了看表，這時我發現我的手表也停了。
回到家裏，我又把我做的刻漏拿了出來，往裏加了水，並做了些加工，以便它能保持一晝夜的記時。我有些糊塗，呆呆地看著水珠緩緩地滴落，我又一次被這東西吸引住了，我覺得我的腦子裏突然變得一片空白，一張白紙，蒼白舒展，懶洋洋地躺在一片水面上，這水面就是時間。
第二天早上，我又遲到了，遲到五分鐘，按規定扣五元。第三天我遲到了十五分鐘，扣了十五塊。第四天幹脆遲到了一個小時，這回扣得我慘了。我明白這是因為我的刻漏是越走越慢的緣故，但我真的感到我的時間是越來越慢了，我又抬頭看了看月亮，月亮也遲到了，今天已經是十六了，它剛剛圓。
在長長的山間小徑裏，子煙挑著兩桶水走著，他的肩膀已不象當年文弱書生般單薄了，而變得厚實有力，穩穩地托著扁擔。他留起了長長的胡須，臉上留下了刀刻般的皺紋，兩鬢也過早地添了許多白發。他挑著水回到了寺裏，把水倒進了水缸裏。
子煙已經在這裏生活了二十年了，諾大的寺廟裏就只有他和老和尚兩個。每天的卯時和酉時，老和尚都要來敲鐘，每次子煙都會悄悄地看一看自己懷中的自鳴鐘。他發現老和尚就等於是一個鐘，亙古不變般的准時。酉時又到了，那悠揚的鐘聲再次准時響起。而他的自鳴鐘也始終陪伴著他，寸步不離身體，就連晚上睡覺也要安在自己的胸前。如果什麼時候沒有了自鳴鐘的跳動，他會懷疑自己的心跳是否停止了。總之，自鳴鐘已經與他合為一體了，或者說，子煙就是自鳴鐘，自鳴鐘就是子煙，就象老和尚就是古鐘，古鐘就是老和尚。
子煙。
老和尚叫起了子煙的名字。子煙來到了他面前，看到他已經從鐘邊下來，走到了大殿裏，盤腿坐在了佛像面前。