島中和中岡在日本投降以後，就像抱著定時炸彈一樣過日子。這是一個既不能扔掉，而且是一個討厭的、不知何時會爆炸的炸彈。
由於戰局惡化，1944年2月7日從陸軍省傳來了封閉研究所的命令。在此6天前的2月1日，盟軍在內南洋諸島所屬的馬紹爾群島的誇賈林島開始實施登陸作戰。島上的日軍守備部隊僅5天便全部陣亡。這是美軍進行越島戰術的開端。陸軍害怕被盟軍了解其中的秘密，命令將研究所的一切痕迹統統毀滅。
當時的負責人是島中大佐和中岡大佐。
島中和中岡商量如何執行這項命令。研究所有20多名工作人員。這個時候，庫拉西島飢餓戰已經開始了。毒死工作人員——島中和中岡都得出了這個結論。毒死之後扔進大海便萬事大吉，一了百了。軍部所謂的「一切痕迹統統毀滅」在他們倆看來就是這個意思。把這些工作人員編入島內守備隊固然容易，但那樣做就等於自己將研究所的秘密宣揚開去，就像散播細菌一樣。
兩人向所里的全體工作人員宣布近日撤走研究所，將緊急備用乾糧發給他們。這些緊急備用乾糧里都摻進了鼠疫菌。鼠疫菌有一至五六天的潛伏期，但一旦發病，短時間內便會死亡。氰酸鉀之類的奇葯雖然可頃刻間致命，但若有人事先意外地發現，就會壞事。
有四名工作人員沒有吃帶鼠疫的乾糧。他們不但沒有吃，還趁夜晚利用空汽油桶漂洋過海，逃出了這個海島。島中和中岡第二天早上才發現這件事。附近的守備隊應他們的要求派出飛機搜索，但沒有找到目標。
數日之內，島上的工作人員全部病倒，發高燒。要是不給予治療，鼠疫菌便會耗盡人體，最後變為一具小小的燒成焦黑的屍休。黑死病這一別名便源於此。
高燒眨眼間殺死了所有工作人員。他們原來己經由於營養不良而身體虛弱，哪怕多一會兒的時間也根本不能支撐。
島中和中岡一把火將研究所燒個精光。
第七天早晨，兩人登上了前來迎接的2式水上飛機。
空中看研究所，已經無影無琮，完全燒毀了。屍體扔進了大海，研究器材也在毀壞之後丟進了海里。這座規模不大的結構建築物收拾起並不太費事。
他們兩人在內地迎來了日本投降。
島中和中岡都隱姓埋名藏了起來。他們知道美國佔領軍和駐日蘇聯代表部都在拚命尋找關東軍防疫供水處的研究人員。
關東軍防疫供水部部長石井五郎中將下落不明。
一名舊陸軍軍官到島中和中岡的家中拜訪，打聽石井五郎的潛伏地點。這名軍官自稱是佔領軍和政府之間的聯絡官。
二人在隱匿處從家人口中知道了這個消息。要是被捕的話，少不了判刑。為國家賣命參加了戰爭，到頭來落得個坐監牢的下場真是太不值了。在關東軍防疫供水部進行的活體試驗不過是奉命行事。這是戰爭的責任、國家的責任。
隨著石井中將和美國佔領軍接上頭、到美國去了之後，戰爭便從島中和中岡的內心消失了。在原關東軍防疫供水部工作的3，000名隊員也同樣。不知何故，美軍硬將研究細菌武器這件事掩蓋起來。
島中和中岡又漸漸地回到社會上來了。
島中回到了大學。關東軍的檔案中沒有他的從軍履歷。只要不遇到防疫供水部的隊員，他便可以把這場惡夢藏到意識下面。由於這個原因，他對臨床醫學敬而遠之，埋頭於大學的基礎研究室里。
中岡沒有回到西海大學。他有經商的天分，干起了土建行業，不久便賺了大錢。
和平時代到來了。
10年、20年不知不覺過去了。戰爭已經被忘記。
島中也成了一名教授。其間社會上雖然也出版了幾本揭露關東軍防疫供水部的殘暴行徑——進行活體試驗的書，但島中覺得無關痛癢。要是誰打算揭發他島中的歷史，從軍履歷中沒有、記載的事情是誰也不會知道的。而且，也沒有好事者要把防疫供水部人員的名單拿去公開發表。美國和蘇聯也都明白，在從事骯髒的戰爭方面，他們並不落在別人後面。然而，有一天，島中遇到了一個亡靈。他就是武川惠古。
島中大嘆倒霉。他避開主治醫生千方百計地給武川做了麻醉分析。從武川口中，他了解到逃出庫拉西島的四人做了美軍的俘虜，戰後被遣返，平安無事地回到了日本。
從武川的家屬嘴裡，島中得知武川惠吉說過「大佐」一詞，並說要轉院，這下子終於使他下了決心。他不得不有所行動以求一逞。武川認出了他的真面目，要是將事情說出去——軍部的命令，或者說，按軍部命令的意思用鼠疫菌毒殺工作人員的這一段歷史，立即就會使他島中面臨滅頂之災。
不能讓武川活著。島中盤算著。
他找到中岡商量。中岡的結論是「幹掉他」。中岡已經是執政黨的幹事長，把他的這段歷史揭出來的話，甚至可能導致內閣垮台。事態太嚴重了。
作為執政黨的幹事長，中岡擁有很大的權力。島中聽從了中岡，他覺得只要中岡用全力去做，一切依然會神不知鬼不覺地遮掩過去。中岡變成了一頭暴怒的公牛。收拾庫拉西島的工作人員的主張，也是由於中岡力主才拍板決定的。要麼把這四個人收拾掉，要麼讓他們揭出來，對於島中來說已經沒有選擇餘地了。
通過對武川的麻辯分析，得知這四人為何像入幽靈戶籍一樣害怕過去這一段歷史，這更成為觸動殺機的重要原因。因為只要除掉了這四個人，就等於完全抹去了這段歷義。
「我承擔了殺掉武川的任務。這確實是不得已的事情。要是讓過去暴露出來，不僅我個人完了，醫學界也將失去信用。對於中岡君來說，也是一樣……」
島中結束了他的敘述。他知道自己是跑不掉了，只好吐出實情，他斷斷續續地、艱難地回憶著，聲音沙啞、低沉。
「為了醫學界的面子，為了政府的面子，就要殺死五個人、使另一個人下落不明？你們的出發點與30多年前一樣，根本沒有改變。就象你們為了保守研究所的秘密，用細菌殺害工作人員一樣！」、
「我真後悔莫及啦，現在終於明白了。我去向警察自首，請千萬饒了我吧。雖然也是為了保住這條命，我真是造孳呀……」
島中巨大的身軀抽動著，聲淚俱下。
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「你以為我會上你的困套嗎？」原田義之尖刻他說道。
「圈套——我……」
「閉嘴！」原田打斷他的話，「你不過是打算從我手心裡逃掉罷了。這種詭計騙得過我嗎？離開這裡，你就可以笑我是個大傻瓜了。即使我用錄音機錄下你剛才的話，你到了警察局或法庭上，也可以說這是受到威脅的情況下被迫編造出來的，將口供推翻，說不過是在精神病患者的胡言亂語而已。」
「這，你……」
「你剛才說的話沒有任何物證。你也好，中岡也好，都可以拒不認帳。現在不可能得到30多年前的證據，正因為如此，我必須運用非常手段。你謀殺武川也一樣，借口治療，找不到任何證據。中岡僱用職業殺手也不會留下證據。只要把那個叫橫田的犯人作為犧牲品絞死就了事啦。拿你剛才坦白的話去起訴，警方和檢察廳只能把我當瘋子處理，作個精神鑒定，然後強制收容。以你的實力去買通精神鑒定醫生再容易不過啦。另外，中岡手中的權力可以操縱首相、法務大臣，要檢察廳怎樣便會怎樣。我就會被國家碾壓成茵粉。你完全懂得這一點。你呢，就可以繼續你那種生活，讓牧丘美都留鞭打你，讓你哭叫、折騰你，讓你得到快感，是吧？你們這種人江山易改，本性難易！」